Pengelolaan TN. Ujung Kulon dititikberatkan pada bagaimana mempertahankan keberadaan satwa langka badak jawa (Rhinoceros sondaicus, DESMAREST 1822). Hal ini disebabkan karena habitat terakhir yang memungkinkan badak jawa untuk berkembang biak secara alami hanya dapat dijumpai di kawasan Semenanjung Ujung Kulon, TN. Ujung Kulon. Satwa flagship species inilah yang menjadi dasar penunjukkan kawasan Ujung Kulon dan sekitarnya menjadi kawasan yang dilindungi dengan model pengelolaan taman nasional. Penunjukkan TN. Ujung Kulon dilakukan melalui Surat Keputusan Menteri Kehutanan No. 284/Kpts-II/1992. Pada tahun yang sama dan dengan dasar yang sama, UNESCO melalui Komisi Warisan Dunia menetapkan TN. Ujung Kulon sebagai salah satu ‘The World Heritage Site’ dengan Surat Keputusan No. SC/Eco/5867.2.409.

Dalam buku Strategi Konservasi Badak Indonesia yang merupakan hasil dari Colloqium Badak Jawa tahun 1997 telah dirumuskan berbagai upaya untuk mempertahankan kelestarian badak jawa. Salah satu butir hasil rumusan tersebut adalah kegiatan inventarisasi populasi badak jawa. Kegiatan inventarisasi badak jawa dimaksudkan untuk meningkatkan upaya konservasi satwa badak melalui penyempurnaan data dasar yang berkaitan dengan status populasi badak jawa, meliputi estimasi populasi, sex ratio, dan struktur umur.

Setiap tahun Balai TN. Ujung Kulon telah melakukan berbagai kegiatan yang menghasilkan data-data habitat yang disukai (habitat preferensial) badak jawa, baik itu tempat makan, kubangan maupun jalur/lintasan. Data-data tersebut mampu menunjukkan intensitas badak jawa untuk mengunjungi sebuah lokasi. Apabila kita mempunyai data-data yang mampu menunjukkan sebuah atau beberapa lokasi yang sering dan atau pernah digunakan oleh badak jawa maka dapat digunakan metode konsentrasi untuk mengukur estimasi populasi badak jawa.

Yang dimaksud dengan metode konsentrasi adalah pengamatan terhadap badak jawa pada lokasi-lokasi yang dipilih pada waktu yang ditentukan. Titik-titik lokasi pengamatan ditentukan berdasarkan lokasi yang pernah/sering dikunjungi badak jawa, misalnya tempat makan, kubangan dan jalur lintasan. Sedangkan jumlah titik pengamatan ditentukan oleh ketersediaan alat (kamera video) yaitu 60 buah titik pengamatan. Pengamatan dilakukan dengan bantuan peralatan kamera video yang dipasang di  titik-titik  pengamatan.   Kamera video ini dilengkapi dengan sensor  infra merah yang akan merekam    secara   otomatis   setiap   pergerakan   yang tertangkap   di  depan  kamera. Aktivitas   di malam hari juga  akan  terekam  dengan  jelas  karena  adanya sensor infra merah ini.

Kegiatan    inventarisasi    badak   jawa     rencana    akan  dilaksanakan   pada pertengahan bulan Mei  2010 oleh Balai Taman Nasional Ujung Kulon bekerjasama dengan WWF-Ujung kulon, Yayasan Badak Indonesia (YABI), Lab. Ekologi Satwa Liar Fakultas Kehutanan Institut Pertanian Bogor, serta melibatkan beberapa wartawan baik media cetak maupun media elektronik.